Accueil > Documentation > OGM & GMO > Décryptage gène RPW

Décryptage gène RPW

samedi 7 décembre 2013 - Rédaction SNP


Le séquençage de l’ADN, consiste à déterminer l’ordre d’enchaînement des nucléotides d’un fragment d’ADN donné. La séquence d’ADN contient l’information nécessaire aux êtres vivants pour survivre et se reproduire ..........


A large-scale gene discovery for the red palm weevil Rhynchophorus ferrugineus (Coleoptera : Curculionidae).


AuthorsWang L, et al. Show all Journal
Insect Sci. 2013 Dec ;20(6):689-702. doi : 10.1111/j.1744-7917.2012.01561.x. Epub 2013 Jan 14.


Affiliation
Joint Center for Genomics Research (JCGR), King Abdulaziz City for Science and Technology (KACST) and Chinese Academy of Sciences (CAS), Riyadh, Kingdom of Saudi Arabia ; CAS Key Laboratory of Genome Sciences and Information, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing ; Graduate University of Chinese Academy of Sciences, Beijing, China.


Abstract
The red palm weevil (RPW ; Rhynchophorus ferrugineus) is a devastating pest of palms, prevalent in the Middle East as well as many other regions of the world. Here, we report a large-scale de novo complementary DNA (cDNA) sequencing effort that acquired ∼5 million reads and assembled them into 26 765 contigs from 12 libraries made from samples of different RPW developmental stages based on the Roche/454 GS FLX platform. We annotated these contigs based on the publically available known insect genes and the Tribolium castaneum genome assembly. We find that over 80% of coding sequences (CDS) from the RPW contigs have high-identity homologs to known proteins with complete CDS. Gene expression analysis shows that the pupa and larval stages have the highest and lowest expression levels, respectively. In addition, we also identified more than 60 000 single nucleotide polymorphisms and 1 200 simple sequence repeat markers. This study provides the first large-scale cDNA dataset for RPW, a much-needed resource for future molecular studies.


© 2012 Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences.
PMID 23955844 [PubMed - in process]
Related CitationsShow all
The culturable bacterial community of frass produced by larvae of Rhynchophorus ferrugineus Olivier (Coleoptera : Curculionidae) in the Canary island date palm.
Seasonally variable intestinal metagenomes of the red palm weevil (Rhynchophorus ferrugineus).
Large-scale collection and annotation of gene models for date palm (Phoenix dactylifera, L.).
Biological control of the red palm weevil, Rhynchophorus ferrugineus (Olivier) (Coleoptera : Curculionidae) by the parasitoid mite, Rhynchopolipus rhynchophori (Ewing) (Acarina : Podapolipidae).
Hemocytes of Rhynchophorus ferrugineus (Olivier) (Coleoptera : Curculionidae) and their response to Saccharomyces cerevisiae and Bacillus thuringiensis.
Standard PubMedNIH/NLM NCBI Copyright Help


http://openwetware.org/wiki/Main_Page

Derniers articles

23 octobre 2020, par Rédaction SNP

Compte rendu l’assemblée générale 12 et 18 oct 2020

Voici les résultats du vote de l’assemblée générale immatérielle des 12-18 octobre 2020.
qui a consacré :
– l’approbation du rapport financier l’exercice 2018 2019 et 2020
– l’approbation du rapport moral
– la décision du mise (...)

8 octobre 2020, par Rédaction SNP

Ynsect, le spécialiste de l’élevage d’insectes...Cocorico 2

Ynsect, le spécialiste de l’élevage d’insectes lève 300 millions d’euros
La startup française Ynsect annonce une levée de fond de plus de 300 millions d’euros, un montant qui sera utilisé pour son développement à l’international. (...)

Edito

Edito de janvier 2023

8 janvier, par Rédaction SNP

Chers amis et passionnés du palmier,
En septembre 2020 nous écrivions "Notre webmaster vient de vous adresser les convocations à une assemblée générale virtuelle. II s’agit classiquement de demander quitus de notre gestion morale et financière et surtout de décider de la mise en sommeil de l’association, comme annoncé depuis plusieurs semaines. Le site cessera ses publications dans le courant du quatrième trimestre. Nous continuons de (...)